A 19. század elején London közegészségügyi válsággal nézett szembe. Az alkalmatlan temetkezési helyek és a magas halandóság együtt okozták a problémát – egyszerűen nem volt elég hely a holttesteknek. Sírhelyeket zsúfoltak a boltok, a házak, a kocsmák közé, ahol csak egy kis szabad helyet találtak. Mindennaposak voltak az illegális temetések. A testeket olcsó anyagba tekerték, és sokszor más maradványokra temették, alig egy-két méter mélységbe. A halottakat oltott mésszel szórták be, ami meggyorsította az oszlást, és így néhány hónap múlva a sírhely újra használhatóvá vált. A mindenféle kórral sújtott sírhelyekből szörnyű szag áradt, túlzsúfoltak és elhanyagoltak voltak.

Az 1800-as évek elejére London lakossága elérte az egymilliót. A következő évtizedekben a népességszám és a halálozási arány is gyors növekedésnek indult. Hogy a katasztrófát elkerüljék, a Parlament törvényt hozott hét új temető megnyitásról. Így jöttek létre ezek a sírkertek: Kensal Green 1833, West Norwood 1836, Highgate 1839, Abney Park 1840, Brompton 1840, Nunhead 1840, Tower Hamlets 1841.

David Ramsey főkertész egzotikus növénytelepítései, valamint Stephen Geary és James Bunstone Bunning meglepő építészeti megoldásai együtt tették a Highgate-et London első számú sírketjévé. Fekvése és különlegessége miatt kezdettől fogva a vagyonosok temetőjének számított.
A temetőt 1839. május 20-án szentelte fel az Anglikán Egyház, egy kis részt meghagyva a protestánsoknak. A temetkezési jogok egy részét határozott időre, más részét örökidőkre adták el. A temető első lakója május 26-án költözött be, egy bizonyos Elizabeth Jackson a Sohoból.
Közös épületben helyezték el az anglikánok és a protestánsok kápolnáját. A Tudor gótikus stílusban emelt templomot fa tornyocskák és egy harangtorony díszítette. A terület szívében alakították ki az impozáns Egyptian Avenue-t. A széles sétány két oldalán 16-16 kriptát emeltek, amelyeket egyes családok kizárólagos használatra vásárolhattak meg. Ez a sétány vezetett a Circle of Lebanon-hoz, ahol kör alakban további húsz kriptát építettek. A kör a közepén álló libanoni cédrusról kapta a nevét. E fölött egy látványos, közel nyolcvan méteres fronttal bíró katakombasor épült 1842-re. Ebben 825 koporsónak volt hely, és minden egyes helyet önállóan értékesítettek. Akkoriban divatosnak számított ez a föld feletti temetkezés.

A Highgate azonnali sikert aratott, változatos ügyfélkört vonzott, és hamarosan London egyik legdivatosabb temetőjévé vált. Üzletileg is sikeres vállalkozás volt, olyannyira, hogy 1854-ben kibővítették, területét a kétszeresére növelték. Az új ún. Keleti Temetőt és a régiben álló Anglikán Kápolnát a Swain’s Lane alatt átvezető alagúttal kötötték össze, és egy hidraulikus ravatal segítségével juttatták át a kápolnában megszentelt maradványokat az új temetőbe. A keleti oldalon az első temetést 1860-ban tartották. Ekkor már, húsz évvel a megnyitás után, több mint 10400 sírt számolt a Highgate. Az 1860-as években átlagosan napi harminc temetést rendeztek. A profit egy részét a temető további szépítésére fordították. Az 1870-es években építettek egy új katakombasort, ezúttal az akkor épp divatos klasszicista stílusban.

A temető a 19. században elsősorban a londoni felsőbb osztályoknak szolgált nyughelyül, természetesen több hírességet is itt temettek el, pl. George Eliotot , Michael Faradayt, és némileg ironikus módon Karl Marxot, aki a mai napig a temető leglátogatottabb halottja, a legvonzóbb turisztikai látványosság. Nem messze fekszik tőle filozófiai-politikai ellenfele Herbert Spencer. A legnagyobb temetés mégis egy bokszolónak jutott. Tom Sayers az 1860-as években ikonikus figurának számított. Búcsúztatására több, mint 10 000 ember gyűlt össze.

Szerecsen évtizedeken keresztül úgy táplálkozott, mint a legjobb étteremben. Nesztelenül odalopózott a magányos zarándokhoz, vagy elvegyült a tömegben, szépen-lassan körbeszaglászott, kiválasztotta a legétvágygerjesztőbb személyt, s komótosan, nem falánk módon belakmározott. Először az egyiket kóstolta meg, majd a másikat, desszertnek pedig meghagyott egy elködösült tekintetű kis szociáldemokrata leánykát. S minden kis sebben ott maradt valamennyi a nyálából, hogy az, akibe beleharapott, elvihesse magával a Highgate-ból a nagy Karl egy kis részecskéjét. Hogy az egész világon elterjedjen a marxizmus!

(Borisz Akunyin: Temetői történetek)

A 20. század fordulójára csökkent az érdeklődés a pompásan kimunkált temetések iránt, és a családok elkezdtek kevésbé kérkedő síremlékeket állítani. Az első világháború kitörésekor, a temető sok alkalmazottját behívták, de a csökkentett létszám ellenére is fenn tudták tartani a temető makulátlan rendjét. Azonban annak ellenére, hogy még a harmincas években is számos gazdag család itt vásárolt sírhelyet, a Highgate egy hosszú ideig tartó hanyatlási folyamatba került. A családok kihalásával vagy elköltözésével egyre több sírhely vált elhanyagolttá.
Próbálkoztak a bevételek növelésével illetve a költségek csökkentésével. Ennek keretében például értékesítették a kőfaragó műhelyt és a felügyelői házat, bezárták a kápolnákat, de mindez eredménytelen volt. Az üzemeltető London Cemetery Company 1960-ban csődöt jelentett, és beolvadt a nála nagyobb United Cemetery Companyba, amely még 15 éven keresztül küzdött a temető felszínen tartásával, de végül a kimerültek a források és a temető 1975-ben bezárt.

Még ebben az évben megalakult a Highgate Temető Barátai elnevezésű szervezet, amely azt a célt tűzte maga elé, hogy megóvja a temető építményeit, nővény és állatvilágát, és a nagyközönség szolgálatába állítsa, mint egyfajta sajátos környezeti látványosságot. Adományokat és alapítványi pénzeket felhasználva nekiláttak egy hosszú munkának. Először a temető elvadult részeit tisztították meg, helyreállították a vandálok által okozott kisebb károkat. Ezt követte egy nagyobb felújítás és állagmegóvás, ami a temető kiemelt részeit érintette. Ezeknek a munkáknak is köszönhetően a temető felkerül az angol nemzeti örökségek listájára. Ez adta meg a végső lökést. 2011-ben a kápolnák belsejét is helyreállították az 1880-as állapotnak megfelelően, és újra megnyitották azokat a temetési szertartásoknak.